วัดอรุณราชวรารามเป็นวัดโบราณ สร้างในสมัยอยุธยา ว่ากันว่าเดิมเรียกว่า วัดมะกอก และกลายเป็นวัดมะกอกนอกในเวลาต่อมา เพราะได้มีการสร้างวัดขึ้นอีกวัดหนึ่งในตำบลเดียวกัน แต่อยู่ในคลองบางกอกใหญ่ ชาวบ้านเรียกวัดที่สร้างใหม่ว่า วัดมะกอกใน (วัดนวลนรดิศ) แล้วจึงเรียกวัดมะกอกซึ่งอยู่ปากคลองบางกอกใหญ่ว่า วัดมะกอกนอก ส่วนเหตุที่มีการเปลี่ยนชื่อเป็นวัดแจ้งนั้น เชื่อกันว่า เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงตั้งราชธานีที่กรุงธนบุรีใน พ.ศ. 2310 ได้เสด็จมาถึงหน้าวัดนี้ตอนรุ่งแจ้ง จึงพระราชทานชื่อใหม่ว่าวัดแจ้ง แต่ความเชื่อนี้ไม่ถูกต้อง เพราะเพลงยาวหม่อมภิมเสน วรรณกรรมสมัยอยุธยาที่บรรยายการเดินทางจากอยุธยาไปยังเพชรบุรี ได้ระบุชื่อวัดนี้ไว้ว่าชื่อวัดแจ้งตั้งแต่เวลานั้นแล้ว

เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระราชวังที่ประทับนั้น ทรงเอาป้อมวิชัยประสิทธิ์ข้างฝั่งตะวันตกเป็นที่ตั้งตัวพระราชวัง แล้วขยายเขตพระราชฐานจนวัดแจ้งเป็นวัดภายในพระราชวัง เช่นเดียวกับวัดพระศรีสรรเพชญ์สมัยอยุธยา และเป็นที่ประดิษฐานพระแก้วมรกตที่อัญเชิญมาจากเวียงจันทน์ใน พ.ศ. 2322 ก่อนที่จะย้ายมาประดิษฐานที่วัดพระศรีรัตนศาสดารามใน พ.ศ. 2327

ในสมัยรัตนโกสินทร์ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทร ได้เสด็จมาประทับที่พระราชวังเดิม และได้ทรงปฏิสังขรณ์วัดแจ้งใหม่ทั้งวัด แต่ยังไม่ทันสำเร็จก็สิ้นรัชกาลที่ 1 สมเด็จฯ เจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทรได้เสด็จขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย พระองค์ได้ทรงบูรณปฏิสังขรณ์วัดแจ้งต่อมา และพระราชทานนามใหม่ว่า “วัดอรุณราชธาราม” ต่อมามีพระราชดำริที่จะเสริมสร้างพระปรางค์หน้าวัดให้สูงขึ้น แต่สิ้นรัชกาลเสียก่อน จนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้เสริมพระปรางค์ขึ้นและให้ยืมมงกุฎที่หล่อสำหรับพระพุทธรูปทรงเครื่องที่จะเป็นพระประธานวัดนางนองมาติดต่อบนยอดนภศูล ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้บูรณปฏิสังขรณ์วัดอรุณราชธารามหลายรายการ และให้อัญเชิญพระบรมอัฐิของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยมาบรรจุไว้ที่พระพุทธอาสน์ของพระประธานในพระอุโบสถด้วย เมื่อการปฏิสังขรณ์เสร็จสิ้นลง พระราชทานนามวัดใหม่ว่า “วัดอรุณราชวราราม”